Контроль качества разрабатываемых и выпускаемых АО «НПЦ «Алмаз-Фазотрон» изделий осуществляет служба контроля качества, в состав которой входят следующие подразделения:
- отдел технического контроля;
- отдел надёжности;
- бюро разработки системы менеджмента качества (СМК) и внутреннего аудита;
- бюро контроля качества разработок.
СМК охватывает все этапы жизненного цикла продукции и сертифицирована в системе добровольной сертификации «Военный регистр» (сертификат соответствия № ВР 22.1.9353-2015).